Sİkincil arıtma adımında, çözünmüş organik maddeler, azot ve fosfor gibi nütrientler ve birincil arıtmadan kurtulan askıda katı maddenin büyük bir kısmı uzaklaştırılır. Çoğunlukla mikroorganizmaların büyümek ve çoğalmak için organik maddeleri metabolize ettiği biyolojik prosesler kullanılır. En yaygın iki biyolojik ikincil arıtma prosesi, yüzeyde tutunmuş sistemler ve askıda gelişen sistemlerdir. Askıda büyüme proseslerinde, atık suda ve geri devir çamurunda bulunan bağımsız organizmalar, askıda büyüyen mikroorganizma floklarının gelişimini destekler. Bu floklar, kirleticileri aerobik, anoksik ve anaerobik ortamlar aracılığıyla giderebilecek organizmalar içerir. Kirleticiler uzaklaştırıldıktan sonra floklar ikincil bir çöktürme prosesine gönderilerek burada yer çekimi etkisiyle sudan ayrılır. Ardından ikincil çöktürme havuzunun dibindeki çamurun bir kısmı birincil işlem sonrası çıkan atıkla (Geri Devir Çamuru) karıştırılarak karışık sıvı elde etmek üzere geri gönderilir. Çamurun geri kalanı (Atık Aktif Çamur) prosesten ayrılarak mikroorganizmalar için ideal ekolojik ortam oluşturmak amacıyla kullanılır. Yüzeye tutunmuş sistemlerde mikroorganizmalar bir ortama tutunarak biyofilm oluşturur. Çöken atık su çamuru, mikroorganizmaların kirleticileri giderdiği biyofilm kaplı ortamla karıştırılır veya üzerine serpilir. Askıda büyüme prosesinde olduğu gibi biyofilm parçaları ve askıda floklar, ayrılması için ikincil bir çöktürme havuzuna gönderilir. Burada çamur geri dönüştürülüp atılır ve açığa çıkan temiz su bir sonraki prosese gönderilir.
Biyolojik arıtmanın verimli şekilde çalışması için organizmalar karbon, azot ve fosfor gibi nütrientlerin (C:N:P olarak gösterilir) dengeli oranda olmasının yanı sıra demir, bakır, çinko, nikel, mangan, potasyum, sülfür gibi eser elementlere ve atık suda tipik olarak bulunan diğer bileşenlere gereksinim duyar. Genel olarak kabul edilen C:N:P oranı 100:5:1'dir. Bazı tesisler bu oranın dışında etkili çalışmayı sürdürürken diğer tesislerde ikincil çöktürme havuzunda polisakkarit şlam oluşumuna veya biyolojik mekanizmaların inhibisyonuna ve çökmeye yol açan filamentli bakteri büyümesi görülür.
İkincil arıtmayı tamamlamak için birden fazla biyolojik proses uygulanabilir. Bunların arasında sürekli (piston) akışlı havalandırma havuzları, tam karışımlı havalandırma tankları, ardışık kesikli reaktörler, oksidasyon hendekleri, damlatmalı filtreler, hareketli yataklı biyolojik reaktörler, entegre sabit film aktif çamur ve diğerleri yer alır.
Biyolojik Nütrient Giderimi (BNR), mikroorganizmaların ortamını değiştirerek sudan azot ve fosforu uzaklaştırır. BNR prosesi anaerobik (oksijen veya nitrat yok), anoksik (oksijen yok, nitrat mevcut) ve aerobik (oksijen mevcut) aşamalarından oluşur. Bu aşamalar sırasında bir dizi odadan geçirilen suda çeşitli biyolojik işlemler uygulanır.
Kimyasal fosfor giderimi gibi kimyasal arıtma işlemleri de kullanılabilir. Havalandırma havuzu ve çöktürme havuzlarına fosforun flokülasyon yoluyla giderildiği işlemde, kimyasal bir çöktürücü katılır ve fosfor çözünmeyen bileşiklere bağlanıp çöktürülerek çamur olarak uzaklaştırılabilir.